此外还有部分二次葬墓,有单人二次葬墓和多人二次墓葬。如第7号墓为多人二次葬墓,内葬3人,三堆人骨各置一角,并有规律的成束东西顺放,并在人骨上各置有玉璧或玉镯。
二号冢位于祭坛西侧,相距2米,近正方形,方向正南北。与一号冢并行排列,东距一号冢仅3.3米。该冢第一层石砌台阶的东西边保存较好,分别长18.7米和15.8米。北界只保存东段,长17.5米,砌石台阶高度依山坡由北向南的斜度为一层到四层不等,南侧最高处为0.89米。冢的正中部位置一座石椁石棺中心大墓。此大墓以南还有规模较小的墓。大墓南侧发现的石棺墓共3座。其中一座有土圹,墓壁一侧起两层台阶,石棺较小,随葬玉镯1件,其中两座均为无随葬品的一般墓。
四号冢,位于祭坛东侧,平面呈前方后圆形,南北长36米,东西宽20米,内有多冢。此冢分为上层积石冢和下层积石冢。上层积石冢位置偏于冢的北半部。冢界为东西两冢相套的形状。东侧一冢为圆形,起三层台阶,西侧一冢则多变化。东西两冢界在中部相交,西侧冢界压叠于东侧冢界,冢内未发现中心大墓和较大型墓,只在顶部发现以碎石垒砌的小墓。
下层积石冢位于冢的南部。冢界以内遍铺碎石,其间分布有墓葬,墓内有南北方向的土坑,墓外有砌石和堆石,最外排列一圈无底筒形陶器。土坑墓穴内有以立置的石板为墓壁,随葬品有玉器或陶器,数量甚少。
五号冢,位于四号冢东北一侧,相距约0.5米。此冢南北长1.5米,东西宽10米,中部砌出一东西向石墙,将冢分为南北两部分,使整个冢呈“日”字形。在冢的南半部发现了人骨,但尚未发现有明确的墓葬。
六号冢位于祭坛北侧,因早期被干扰,只发现一座小墓,无随葬品。
第三地点位于牛河梁第四道梁的山岗上,与第二地点相距200米,海拔高度为641.3米。只一冢,平面圆形,直径17米,周围砌石多已不存。冢的中心部位置一土圹石棺墓,东西长2.9米,南北宽1.35~1.85米。其他墓排列在冢的南侧,共8座。围绕冢界有一道环壕。环壕现存2米左右,深度在1米左右,直径为18米,沟全部凿入风化基岩,沟底有散落的积石冢石块,泥质红陶筒形器片等。出土玉器的墓为3号墓、9号墓和中心墓。
第五地点与第三地点同处一座山梁上,在第三地点以西882米,海拔高度618.4米。有东西两冢,冢间有一石砌方坛。冢界外发现了围绕冢体的环壕残段,直径达38米。已发掘的东侧一冢总范围直径20米以上,有三层圆形石阶,最内一层积石层层叠起。该冢中心部位置一座大墓。
第十六地点位于牛河梁遗址最西端的西山梁南部的梁顶, 即“凌源市三官甸子城子山遗址”,海拔高度为556米,积石冢被一夏家店下层文化城堡所叠压,冢的上部多被扰乱。该冢中心部位置一大墓。其他墓分布于中心大墓的南部。
牛河梁积石冢内设有中心大墓。这是红山文化积石冢最重要的特点之一。目前已发掘的牛河梁遗址第二地点、第三地点、第五地点和第十六地点都有中心大墓。中心大墓位于冢的中央部位,有宽而深的墓穴。有的墓穴为达到一定深度而不惜开凿风化基岩,有的并起台阶。有大型石棺,以多层石板平砌,石棺内壁平齐。有随葬玉器,玉器数量多、种类全、选料精、工艺讲究。
牛河梁第二地点中心大墓,位于第二号冢内的正中部位,有土圹,深不过1米,内筑大型石棺,长2.21米,宽0.85米,墓壁为石板平铺。石棺以上并砌石台阶。石台阶从四壁筑起,共3层。第三层石台阶已高出墓口和地面,高出地面的砌石部分做出一石椁式方台。方台每边长3.6米,高出墓口0.65米。可惜此墓早期被严重扰动,未见完整人骨和任何随葬品。
牛河粱第三地点中心大墓,位于冢的中心部位,是一土圹石棺墓,东西长2.9米,南北宽1.35~1.85米,深0.9米。石棺以石块平砌,长1.8米,宽1.5米,墓底未铺石。内葬单人,仰身直肢,男性,头向西北。随葬玉器3件:头下枕一马蹄状玉器,胸部置一玉琮形器,右腕戴一玉镯。
牛河梁第五地点中心大墓,位于东侧第1号冢的中心部位偏西一侧,方向119°,有大型土圹,墓口长3.8米,宽3.1米,深 2.25米,墓穴大部分已凿入风化基岩。墓壁起台阶,南北两侧起三层台阶,东西两侧起两层台阶。有大型石棺, 以长条形石板平砌,每边约6—7层,前后挡板并以整块石板立砌。棺内壁长1.98米,宽0.55米,无底板,有顶盖,为大块石板叠搭而成,盖板以上并有封石。单人仰身直肢葬,为老年男性,头向东。随葬玉器7件,勾云形玉佩、箍形玉、玉镯各1件,玉璧和玉龟各一对。勾云形玉佩置于右胸部,为竖直,背面朝上,下压一箍形玉,右腕上套一玉镯,头部两侧各置一大型玉璧,两手各握一玉龟。
牛河梁第十六地点中心大墓,位于冢的中心部位。凿山为石穴,长3.9米,宽3.1米,深近5米。三面竖直而下,一面有斜坡。有大型石棺,以长条石板砌成。每边约10多层,棺内壁长约 2米,宽约1米,有顶盖,为大块石板叠搭而成,盖板中央部位有一用小石板砌的竖井,高约1米。盖板上封土积石,最上层用风化基岩覆盖。不仔细观察难以发现。单人直肢葬,随葬玉器6件。头下枕一板状玉凤,左胯下一玉人,右腕套一玉镯,胸部置一玉箍,绿松石坠一副2件。这是牛河梁已知规模最大,营造最难,结构最独特的大型墓葬。
牛河梁积石冢的中心大墓具有唯一性,即有冢群的山冈上,不管有几个冢,只有一个冢设置中心大墓。如牛河梁第二号地点共5个冢,但只在第二号冢设有中心墓。第五号地点有东、西两个冢,也只在第一号冢内设中心大墓,这样看来,在有冢群的山冈上,冢与冢之间也有主次之分,设置中心大墓的冢应是主冢。
牛河梁积石冢墓上封土积石形成土石状丘顶。一般情况是墓地的主体部分埋葬完结后,即在墓上封土,土上积石,从而形成地上建筑,冢顶积石以石块堆砌。冢的周边选用边缘加工的平齐石料砌筑石墙。石墙采用“错缝法”砌筑,一般起三层,上口平齐。如果是坡地则就坡而筑,石墙层数也有差别,但都保持上口平齐。积石冢形状基本为方形、圆形两类。
牛河梁积石冢上竖置成排无底筒形陶器。这种筒形陶器都为泥质红陶,壁厚,多在口下饰弦纹,腹部绘黑彩,也有半面彩绘的做法。它的最大特点是皆无底部。规格较大,一般为成排地竖置于冢的石砌台阶外侧。
牛河梁积石冢唯玉为葬。积石冢内的墓葬随葬品,陶器甚少,多数为玉器。目前在已发掘的属于上层积石冢的54座墓中,有随葬品的墓27座,其中有玉器随葬的墓26座,占有随葬品墓95%以上,而且中心大墓和其他较大型墓都只葬玉器,表明只葬玉器已是牛河梁积石冢埋葬的一种特定制度。